Sinopse: Ano 2029. O Homem atingiu a perfeição, tornou-se uma máquina. Major Motoko é uma agente cibernética e lider da unidade do serviço secreto Esquadrão Shell. Formado pelo governo para combater a onda de crimes, eles são informados de que um famoso criminoso, "expert" em computadores, está no Japão. O suspeito é conhecido apenas pelo codinome "Mestre Marionete". Durante a investigação, o Esquadrão descobre que o super "hacker" surgiu como um virus de computador fabricado pelo próprio Ministério, como parte de uma operação internacional fraudulenta, antes de se alastar e ficar fora de controle, sabendo que esta informação pode ser o seu fim, o Ministério das Relações Exteriores ataca o Esquadrão Shell na esperança de resgatar o Mestre Marionete.
